故事的(💚)舞台是互联网系统发达的都(⛑)市(🏊)「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的(🕢)被称为「LINK VRAINS」的VR空(🔽)间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂(🏭)热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑(🐧)士团」。而他(🌀)们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界(🦗)=电子界”毁灭。然而在世(📱)界受(⬇)到这(🐲)样的威胁时(🥈)，有一名决(👥)斗者站(🆕)了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中(⛹)，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获(🖇)了「SOL技术社」和「海(🎣)诺因骑士团」都(✡)想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然(🖇)消声匿(🗝)迹了，而他的名字就在互联(⛑)网的世界中一瞬间变得声名(🥃)远播，成为了传说。而现(🚉)在，作为「Playmaker」的正体的某(🕗)位(🍼)高中生(🔙)藤木游作，为了寻(📻)找过去发生的某(🕎)件事件(🆚)的真相，对再次在「VRAINS」出现(🎙)的「海诺因骑士团」展开了(📽)追(🗄)击......  以此为契机(🥊)，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在(🕓)游作过去的真相到底是———所有的答案，都在(🛬)「Link Vrains」中