故事的舞台是互联网系统(⌛)发达的都市「(🈴)DEN CITY」(🥁)。在那(🌓)里有经由巨型企业「SOL技术社(👙)」通过高(😽)度的网络技术构筑而成的被称为(📺)「(🚂)LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间(🔐)中为体验到(🤝)全新的决斗而狂热。可是在「(💊)LINK VRAINS」中却出现了利用决斗(🚄)来进行黑客行为的(🚝)谜之黑客集团「海诺因骑士团(🧥)」(🎚)。而他们的目(✖)标是将存在于互联网的某处的(🏡)“AI们的世界=电(🍓)子界”毁灭。然而在世(😮)界受到(🌴)这样的威胁时，有(🎉)一名决斗者(🎲)站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇(🆙)的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序(📏)。一度(🎑)拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世(😄)界中一瞬间变(🏻)得声名远(🔯)播，成为了(🆒)传说。而现在，作为「(🛥)Playmaker」(🚍)的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在(😳)「(👧)VRAINS」出现的「海(🎩)诺因骑士团」展开了追(🏩)击......  以此为契机，命运的齿轮(🆙)就(👮)此转动……迷之AI的真身，「海诺(🤪)因骑士团」盯上(🈁)「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的(😲)真相到底是——(🛳)—所有的答案，都在「Link Vrains」中