故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由(💨)巨型企业「SOL技术社」通过高度(➖)的(🐕)网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的(🚦)VR空(🔟)间。人们都在那个VR空间中(🕒)为体验到全新的决斗而(🕞)狂热。可是在「LINK VRAINS」中却(🏔)出现了利用决斗来进行(⛸)黑客行为的谜之黑(🚈)客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标(🚐)是将(🕘)存在于(👪)互联网的(🎈)某处的“AI们的世界=电子界(🌎)”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「(😬)Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」(😉)和「海诺(✍)因骑(⛏)士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了(🙈)世(🦀)界，然后却突然(🍹)消声匿迹(🦌)了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而(🕖)现在，作(🏿)为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真(👲)相(👛)，对再次在「VRAINS」(⏭)出(🗄)现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……(🎤)迷之AI的(🐸)真(🚸)身，「海诺因(🐹)骑士团(👠)」盯上「Link Vrains」(😽)的目的，以及隐(💬)藏(💛)在游作过去的真相到底是—(🤝)——所有(㊙)的(🎦)答(📂)案，都在「Link Vrains」中