故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企(⌛)业「SOL技术社」通过(🤸)高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空(👂)间中为体验到全(🌟)新的(👰)决斗而狂热。可(💿)是在「LINK VRAINS」(🐙)中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集(✝)团「(🧗)海诺因骑士团」。而(🤵)他(✔)们的目标是(🚇)将(🌆)存(🏤)在于互联网的某(🎉)处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的(📰)威胁时，有(💺)一名决斗者站(😋)了出来。而他的名(🕛)字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将(🅿)「海诺因骑(✍)士团」打倒(🛎)，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷(📰)之AI程序。一度拯救了世(🈶)界(💴)，然后却突然消(🦓)声匿迹了，而他的(🎯)名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远(🛴)播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某(🎋)位(🚃)高中生藤木游(🍑)作，为了寻(🚸)找过去发生(🥈)的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转(🐕)动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上(💭)「Link Vrains」的目的，以及隐藏(🛩)在游作过去的真相到底是——(⬛)—所有的答案(🔋)，都在「Link Vrains」中