《超级机器人大战·原创世纪》的背景是(🧚)新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世(🎆)纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流(🚴)星3(メテオ3)”坠落于南太平(Ⓜ)洋的マーケサズ群岛海面(🎠)。地球连邦政府经(🆎)过调查，发(🔓)现是由人(🐌)类未(😷)知的(🏂)技术制造的物体，这(🥅)种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府(🐲)组成了“EOT特别(🚬)审议会(🍍)”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有(🍘)被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器(🎖)：Personal Trooper的研究开始了。